學校前身是1926年5月創(chuàng)辦的上海東南醫(yī)學院。1949年底，響應(yīng)中共中央華東局“面向農(nóng)村，走向內(nèi)地”的號召，東南醫(yī)學院內(nèi)遷安徽省，成為安徽省第一所高等醫(yī)科院校。1952年改名為安徽醫(yī)學院。1985年更名安徽醫(yī)科大學。
學校現(xiàn)有梅山路、翡翠路、第四臨床醫(yī)學院、巢湖臨床醫(yī)學院、阜陽臨床醫(yī)學院等5個校（院）區(qū)，校園占地面積2086畝，建筑面積73.85萬平方米，教學科研設(shè)備總值6.63億元；有20個直屬教學機構(gòu)，13所直屬附屬醫(yī)院，7所非直屬附屬醫(yī)院；在職教職醫(yī)護員工（含直屬附院）15163人；全日制在校生20367人，其中普通本科生14631人，碩士研究生4906人，博士研究生411人，留學生419人；有40個本科專業(yè)；有4個博士后科研流動站，4個一級學科博士點，44個二級學科博士點，1個專業(yè)學位博士點，13個一級學科碩士點，76個二級學科碩士點，8個專業(yè)學位碩士點；擁有1個國家重點學科。