石河子大學是國家“中西部高校綜合實力提升工程”和“中西部高校基礎能力建設工程”高校，入選國家“2011計劃”、卓越醫生教育培養計劃、卓越工程師教育培養計劃、卓越農林人才教育培養計劃、國家建設高水平大學公派研究生項目、國家大學生創新性實驗計劃、國家級大學生創新創業訓練計劃、全國深化創新創業教育改革示范高校、中國政府獎學金來華留學生接收院校、國家大學生文化素質教育基地，國家西部重點建設十四所高校之一，為中西部高校聯盟成員。
學校現有經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、管理學、藝術學11大學科門類。有92個本科專業、8個一級學科博士學位授權點、26個一級學科碩士學位授權點、20種碩士專業學位授權類別、4個博士后科研流動站、2個博士后科研工作站。有國家一流建設學科1個、國家重點學科1個、國家重點培育學科1個、自治區重點學科10個。有國家級教學團隊3個、國家級教學名師2人、國家級精品課程4門、雙語教學示范課程1門、精品視頻公開課3門、精品資源共享課2門、國家級特色專業建設項目5個、實驗教學示范中心1個。學校是教育部卓越（醫生、工程師、農林人才）教育培養計劃項目試點高校，設有6個卓越人才培養計劃項目試點專業。