福建醫(yī)科大學(xué)前身是創(chuàng)辦于1937年的福建省立醫(yī)學(xué)專科學(xué)校，1939年改名為福建省立醫(yī)學(xué)院，1949年改稱福建醫(yī)學(xué)院，1969年與福建中醫(yī)學(xué)院、華僑大學(xué)醫(yī)療系合并，成立福建醫(yī)科大學(xué)。1982年更名為福建醫(yī)學(xué)院，1996年4月更名為福建醫(yī)科大學(xué)。2003年，被福建省人民政府確定為重點建設(shè)高校，同年以良好的成績通過了教育部本科教學(xué)工作水平評估。
截至2020年7月，學(xué)校有上街、臺江2個校區(qū)，規(guī)劃占地約1500畝；設(shè)有21個學(xué)院（部），28個本科專業(yè)；有博士后科研流動站2個，博士后工作站4個，一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點6個，博士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點2個，一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點8個。碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點6個；有教職醫(yī)護員工11900多人（含附屬醫(yī)院），在校全日制學(xué)生16000多人；有專任教師1595人，其中具有博士學(xué)位教師占43.7%，教授505人，副教授610人；學(xué)校博士點總數(shù)位居全國獨立設(shè)置醫(yī)學(xué)院校（含軍隊院校）第8名；有國家級重點學(xué)科（專科）12個，省級重點學(xué)科（專科）56個；擁有72個省部級科研平臺；擁有6所直屬附屬醫(yī)院，5所臨床醫(yī)學(xué)院，15所非直屬附屬醫(yī)院，23所臨床教學(xué)醫(yī)院。