上海海關(guān)學(xué)院前身為創(chuàng)建于1953年的上海海關(guān)學(xué)校；1980年5月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，升格為上海海關(guān)專科學(xué)校；1996年4月，原國(guó)家教委批準(zhǔn)學(xué)院更名為上海海關(guān)高等專科學(xué)校；2007年3月，經(jīng)教育部批準(zhǔn)，設(shè)立上海海關(guān)學(xué)院。2018年5月，學(xué)校獲批成為碩士學(xué)位授予單位。
截至2020年12月，學(xué)校校園占地面積521畝，下設(shè)蘇州分校，占地133畝，占地面積312250平方米，教學(xué)科研儀器設(shè)備總值8853.60萬(wàn)元；設(shè)有8個(gè)教學(xué)院（系、部），設(shè)置10個(gè)本科專業(yè)，2個(gè)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)；學(xué)校教師總數(shù)147人，其中教授19人，在校生總規(guī)模為2710人。