學校創建于1958年7月，由原上海第二醫學院分遷和安徽醫學院援建而成，1968年改稱蚌埠反修醫學院，1970年9月，與安徽醫學院合并，改名為安徽醫學院蚌埠分院，1974年6月，恢復稱蚌埠醫學院。
截至2018年9月，學校有龍子湖校區、治淮校區、宏業校區和淮上校區4個校區，占地面積 1580 余畝，總建筑面積達 46.37 萬平方米。有全日制本科在校生 13044名，碩士研究生1058 名，其中外國留學研究生7名。學校現有6個一級學科碩士學位授權點和5個碩士專業學位授權類別，36個二級學科授權點，臨床醫學學科進入美國基本科學指標（ESI）全球排名前 1%。