其中，特別重大突發公共衛生事件主要包括
1. 肺鼠疫、肺炭疽在大、中城市發生并有擴散趨勢，或肺鼠疫、肺炭疽疫情波及2個以上的省份，并有進一步擴散趨勢。
2. 發生傳染性非典型肺炎、人感染高致病性禽流感病例，并有擴散趨勢。
3. 涉及多個省份的群體性不明原因疾病，并有擴散趨勢。
4. 發生新傳染病或我國尚未發現的傳染病發生或傳入，并有擴散趨勢，或發現我國已消滅的傳染病重新流行。
5. 發生烈性病菌株、毒株、致病因子等丟失事件。
6. 周邊以及與我國通航的國家和地區發生特大傳染病疫情，并出現輸入性病例，嚴重危及我國公共衛生安全的事件。
7. 國務院衛生行政部門認定的其他特別重大突發公共衛生事件。