1、南京大學(xué)：有南京大學(xué)研究生院和南京大學(xué)蘇州研究生院。南京大學(xué)是我國(guó)最早的招收并培養(yǎng)研究生的綜合性大學(xué)，前身是國(guó)立中央大學(xué)和金陵大學(xué)。新中國(guó)成立以后，南京大學(xué)于1954年恢復(fù)研究生招生。1978年，南京大學(xué)又一次成為全國(guó)首批恢復(fù)招收研究生的高校之一。
2、南京林業(yè)大學(xué)：有南京林業(yè)大學(xué)研究生院。南京林業(yè)大學(xué)現(xiàn)有碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)及授權(quán)領(lǐng)域90個(gè)，博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)及授權(quán)領(lǐng)域37個(gè)，博士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科7個(gè)，碩士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科12個(gè)，分布在哲學(xué)、法學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、文學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、農(nóng)學(xué)、管理學(xué)等9個(gè)學(xué)科門(mén)類(lèi)。
3、南京師范大學(xué)：有南京師范大學(xué)研究生院。2011年，成立研究生院。南京師范大學(xué)是國(guó)家“雙一流”建設(shè)高校和江蘇高水平大學(xué)建設(shè)高校。南京師范大學(xué)研究生教育起步于20世紀(jì)50年代，著名苔蘚專(zhuān)家陳邦杰教授招收了我校歷史上第1名研究生。
4、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)：有南京農(nóng)業(yè)大學(xué)研究生院。2000年6月經(jīng)教育部批準(zhǔn)建立研究生院。南京農(nóng)業(yè)大學(xué)的研究生教育具有悠久的歷史，為我國(guó)的農(nóng)業(yè)教育、科技、管理和生產(chǎn)做出了重要貢獻(xiàn)。學(xué)校前身私立金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院和國(guó)立中央大學(xué)農(nóng)學(xué)院于1936-1945年共招收和培養(yǎng)了65名研究生，占當(dāng)時(shí)全國(guó)農(nóng)科的50%。