學校前身是1980年成立的新中國第一所職業大學——金陵職業大學和1958年成立、1984年復建的南京農業專科學校。2002年6月經教育部和省市政府批準，兩校合并籌建金陵科技學院，2005年3月正式成立。
截止2018年12月，學校擁有江寧、幕府、白下三個校區，主校區位于江寧大學城。學校占地總面積101.64萬平方米，校舍總面積64.69萬平方米，資產總值19.48億元。
學校不斷加強人才隊伍的內培外引，努力構建一支具有“雙師雙能”素質、適應應用型人才培養需要的高素質師資隊伍。現有在職教職工近1500人，其中正高級職稱近120人，雙聘院士1人，聘請了國內外4位院士為學校榮譽（名譽）教授，另有一批國務院特殊津貼獲得者。